Leitung und Organe
Die Willensbildungs-, Entscheidungs- und Handlungszuständigkeiten für die Hochschule sind folgenden Organen zugeordnet:
- dem Präsidenten,
- dem Rat,
- den Fachbereichsleitern und
- den Fachbereichskonferenzen.

Präsidentin
Frau Birgit Hensger wurde von der Staatsregierung als Präsidentin der Hochschule für den öffentlichen Dienst in Bayern bestellt. Sie leitet und vertritt die HföD seit dem 1. August 2025 hauptamtlich mit Sitz in München.

Ständiger Vertreter der Präsidentin
Stefan Walser ist Stellvertreter der Präsidentin der Hochschule für den öffentlichen Dienst in Bayern. Zudem ist er seit 2011 Leiter der HföD Zentralverwaltung mit Sitz in München.
Rat der Hochschule
Dem Rat gehören an
- die Präsidentin als Vorsitzende
- der Leiter der Zentralverwaltung
- die Fachbereichsleiter
- Vertreter der Staatsministerien
- Vertreter der kommunalen Spitzenverbände
- Vertreter der hauptamtlichen Lehrpersonen
- Vertreter der Studierenden
- Vertreterin des Verwaltungspersonals
Der Rat berät und unterstützt den Präsidenten bei der Leitung der Hochschule. Er beschließt u.a.
- die Satzung der Hochschule;
- die Vorschläge für den Entwurf des Haushaltsplans des Freistaates Bayern, soweit er die Hochschule betrifft;
- Vorschläge für die Bestellung hauptamtlicher Hochschullehrer;
- Vorschläge für die Errichtung, Aufhebung und den Sitz von Fachbereichen.
Der Rat gehören derzeit folgende Mitglieder an.
Organe der Fachbereiche
Den Fachbereichsleitern obliegt neben der organisatorischen, personellen und haushaltsmäßigen Gesamtverantwortung insbesondere die Vertretung ihres Fachbereichs nach außen sowie in den internen Organen und Gremien.
Sie werden dabei von den Fachbereichskonferenzen, die an jedem Fachbereich eingerichtet sind, unterstützt.